عرض مصدر القواعد الاحتمالية الخالية من السياق

نشأت [[علم النحو|قواعد النحو]] لنمذجة سلاسل الرموز من العمل في [[لغويات حاسوبية|اللغويات الحاسوبية]] بهدف فهم بنية [[لغة طبيعية|اللغات الطبيعية]].<ref name="Chomsky_1956"><cite class="citation journal">Chomsky, Noam (1956). "Three models for the description of language". ''IRE Transactions on Information Theory''. '''2''' (3): 113–124. [[معرف الغرض الرقمي|doi]]:[[doi:10.1109/TIT.1956.1056813|10.1109/TIT.1956.1056813]].</cite></ref><ref name="Chomsky_1959"><cite class="citation journal">Chomsky, Noam (June 1959). "On certain formal properties of grammars". ''Information and Control''. '''2''' (2): 137–167. [[معرف الغرض الرقمي|doi]]:[[doi:10.1016/S0019-9958(59)90362-6|10.1016/S0019-9958(59)90362-6]].</cite><templatestyles src="Module:Citation/CS1/styles.css"></templatestyles></ref><ref name="Chomsky_1957"><cite class="citation book">Noam Chomsky, ed. (1957). ''Syntactic Structures''. Mouton & Co. Publishers, Den Haag, Netherlands.</cite><templatestyles src="Module:Citation/CS1/styles.css"></templatestyles></ref> وقد تم تطبيق '''القواعد الاحتمالية الخالية من السياق''' ('''PCFGs''') '''(ق.ا.خ.س)''' في '''النمذجة الاحتمالية''' في معالجة اللغات الطبيعية وفي هياكل الحمض النووي الريبي بعد حوالي 40 عامًا من طرحها في [[لغويات حاسوبية|اللغويات الحاسوبية]].<ref name="Eddy 1994"><cite class="citation journal">Eddy S. R. & Durbin R. (1994). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC308124 "RNA sequence analysis using covariance models"]. ''Nucleic Acids Research''. '''22''' (11): 2079–2088. [[معرف الغرض الرقمي|doi]]:[[doi:10.1093/nar/22.11.2079|10.1093/nar/22.11.2079]]. [[ببمد سنترال|PMC]]&nbsp;<span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC308124 308124]</span>. [[ببمد|PMID]]&nbsp;[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8029015 8029015].</cite><templatestyles src="Module:Citation/CS1/styles.css"></templatestyles> {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170415164555/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8029015 |date=15 أبريل 2017}}</ref><ref name="Sakakibara 1994"><cite class="citation journal">Sakakibara Y., Brown M., Hughey R., Mian I. .S et al. (1994). "Stochastic context-free grammars for tRNA modelling". ''Nucleic Acids Research''. '''22''' (23): 5112–5120. [[معرف الغرض الرقمي|doi]]:[[doi:10.1093/nar/22.23.5112|10.1093/nar/22.23.5112]].</cite> <span class="cs1-visible-error error citation-comment"><span class="cs1-visible-error error citation-comment">Explicit use of et al. in: <code class="cs1-code">&#x7C;authors=</code> ([[مساعدة:أخطاء الاستشهاد#explicit et al|help]])</span></span><span class="cs1-maint citation-comment">CS1 maint: Uses authors parameter ([[:Category:صيانة CS1: يستخدم وسيط المؤلفون|link]])</span><templatestyles src="Module:Citation/CS1/styles.css"></templatestyles></ref><ref name="Grat 1995"><cite class="citation journal">Grat, L. (1995). [http://www.aaai.org/Papers/ISMB/1995/ISMB95-017.pdf "Automatic RNA secondary structure determination with stochastic context-free grammars"] <span class="cs1-format">(PDF)</span>. ''In Rawlings, C., Clark, D., Altman, R., Hunter, L., Lengauer, T and Wodak, S. Proceedings of the Third International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, AAAI Press'': 136–144.</cite><templatestyles src="Module:Citation/CS1/styles.css"></templatestyles> {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20151204013359/http://www.aaai.org/Papers/ISMB/1995/ISMB95-017.pdf |date=04 ديسمبر 2015}}</ref><ref name="Lefebvre 1995"><cite class="citation book">Lefebvre, F (1995). "An optimized parsing algorithm well suited to RNA folding". In Rawlings, C.; Clark, D.; Altman, R.; Hunter, L.; Lengauer, T.; Wodak, S. (eds.). ''Proceedings of the Third International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology''. AAAI Press. pp.&nbsp;222–230.</cite><templatestyles src="Module:Citation/CS1/styles.css"></templatestyles></ref><ref name="Lefebvre 1996"><cite class="citation book">Lefebvre, F. (1996). "A grammar-based unification of several alignment and folding algorithms". In States, D. J.; Agarwal, P.; Gaasterlan, T.; Hunter, L.; Smith R. F. (eds.). ''Proceedings of the Fourth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology''. AAAI Press. pp.&nbsp;143–153.</cite><templatestyles src="Module:Citation/CS1/styles.css"></templatestyles></ref>

تقوم القواعد الاحتمالية النحوية الخالية من السياق بتوسيع مفهوم [[قواعد خالية من السياق|القواعد النحوية الخالية من السياق]] على غرار الطريقة التي يتم بها توسيع [[نظرية ماركوف المخفية|نماذج ماركوف الخفية]] لقواعد اللغة العادية. حيث يتم تعيين احتمالية معينة لكل ناتج من النواتج. احتمال الاشتقاق (تحليل) هي نتاج محصلة الاحتماليات للنواتج المستخدمة في هذا الاشتقاق. يمكن عرض هذه الاحتمالات كمعاملات معينة للنموذج، أما بالنسبة للمشاكل الكبيرة، فمن الأسهل تعلم هذه المعاملات من خلال [[تعلم الآلة|التعلم الآلي]]. يتم تقييد صلاحية قواعد اللغة الاحتمالية من خلال السياق الوارد في البيانات التدريبية الخاصة بها.

للقواعد الاحتمالية الخالية من السياق تطبيقات في مجالات متنوعة مثل [[معالجة اللغة الطبيعية]] لدراسة هيكل جزيئات [[حمض نووي ريبوزي|الحمض النووي الريبي]] وتصميم [[لغة برمجة|لغات البرمجة]]. كما أن تصميمها بشكل فعال الفعال يجب أن يزن عوامل قابلية التوسع والعمومية في السياقات والتعابير. وتواجه هذه القواعد مشكلات مثل الغموض النحوي. كما يؤثر تصميم القواعد على دقة النتائج.

== تعريفات ==
'''الاشتقاق:''' عملية التوليد العكسي للجمل من خلال القواعد.

'''[[تجزئة (لغة)|التجزئة]]:''' العثور على الاشتقاق الصحيح آلياً.

'''[[شجرة التحليل|شجرة التحليل:]]''' محاذاة القواعد مع التسلسلات الموجودة.

== التعريف الرسمي ==
على غرار [[قواعد خالية من السياق|القواعد الخالية من السياق]]، يمكن تعريف القواعد النحوية الخالية من السياق {{Mvar|G}} بواسطة قيد يتكون من خمس قيم:

: <math>G = (M, T, R, S, P)</math>

* {{Mvar|M}} هي مجموعة الرموز غير الطرفية
* {{Mvar|T}} هي مجموعة الرموز الطرفية
* {{Mvar|R}} هي مجموعة قواعد الإنتاج
* {{Mvar|S}} هو رمز البداية
* {{Mvar|P}} هي مجموعة من الاحتمالات الخاصة بقواعد الإنتاج

== العلاقة مع نماذج ماركوف الخفية ==
تقوم نماذج القواعد الاحتمالية الخالية من السياق بتوسيع [[قواعد خالية من السياق|قواعد اللغة الخالية من السياق]] بنفس الطريقة [[نظرية ماركوف المخفية|التي]] توسع بها بها [[نظرية ماركوف المخفية|نماذج ماركوف الخفية]] القواعد النحوية المنتظمة.

{{Ill-WD2|خوارزمية من الداخل إلى الخارج|id=Q6038052}} هي خوارزمية مناظرة لخوارزمية الأمام والخلف (forward-backword). وهي تحسب الاحتمال الكلي لجميع الاشتقاقات التي تتوافق مع تسلسل معين، بناءً على بعض القواعد الاحتمالية الخالية من السياق. يعادل هذا احتمالية قيام '''(ق.ا.خ.س)''' بإنشاء التسلسلات، وهو مقياس لمدى اتساق التسلسل مع قواعد معينة. تُستخدم خوارزمية من الداخل إلى الخارج في تحديد [[تمثيل وسيطي|معالم]] النموذج لتقدير الترددات السابقة التي لوحظت من متواليات التدريب في حالة [[حمض نووي ريبوزي|الرنا]].

== بناء القواعد ==
يتم تمثيل القواعد النحوية الخالية من السياق كمجموعة من القواعد المستوحاة من محاولات نمذجة اللغات الطبيعية.<ref name="مولد تلقائيا10">{{استشهاد بكتاب |محرر=Noam Chomsky|عنوان=Syntactic Structures.|مسار=https://archive.org/details/syntacticstructu0000chom|ناشر= Mouton & Co. Publishers, Den Haag, Netherlands|سنة= 1957}}</ref> القواعد مطلقة ولها تمثيل بناء جملة نموذجي يعرف باسم [[صيغة باكوس نور]]. قواعد الإنتاج تتكون من المحطة (a,b) والرموز '''{{Mvar|S}}''' غير الطرفية وإشارة المجموعة الخالية التي يُمكن أيضا أن تستخدم في النهاية. في قواعد الإنتاج الخاصة بالقواعد الخالية من السياق و'''(ق.ا.خ.س)'''، فإن الجانب الأيسر ليس له سوى نقطة واحدة في حين أن الجانب الأيمن يمكن أن يكون أي سلسلة من الأطراف الطرفية أو غير الطرفية. وتجدر الإشارة إلى ان القيم الخالية يتم استثناؤها في ق.ا.خ.س <ref name="Durbin 1998"><cite class="citation book">R. Durbin; S. Eddy; A. Krogh; G. Mitchinson, eds. (1998). [https://books.google.com/books?id=R5P2GlJvigQC ''Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids'']. Cambridge University Press. [[النظام القياسي الدولي لترقيم الكتب|ISBN]]&nbsp;[[خاص:BookSources/978-0-521-62971-3|<bdi>978-0-521-62971-3</bdi>]].</cite><templatestyles src="Module:Citation/CS1/styles.css"></templatestyles> {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20150318190403/http://books.google.com/books?id=R5P2GlJvigQC |date=18 مارس 2015}}</ref> مثال:

: <math>S \to aS, S \to bS, S \to \epsilon</math>

يمكن اختصار هذه القاعدة باستخدام الرمز "|" حرف (أو) إلى:

: <math>S\to aS | bS |\epsilon </math>

الرموز الطرفية في القواعد هي ما لا يُمكن تجزئته، أما الرموز غير الطرفية فهي ما يُمكن تجزئته والتي يُمكن أن يتم تحويلها إلى جمل أخرى تتكون من رموز طرفية أو غير طرفية (الأحرف والأرقام على سبيل المثال هي رموز طرفية، لأنها غير قابلة للتجزئة أكثر)<ref>{{استشهاد بويب|مسار=http://www.cs.nuim.ie/~jpower/Courses/Previous/parsing/node15.html|عنوان=Grammars|تاريخ الوصول=5-5-2019|ناشر=Computer Science at Maynooth University|موقع=Maynooth University Website| مسار أرشيف = https://web.archive.org/web/20180406091705/http://www.cs.nuim.ie:80/~jpower/Courses/Previous/parsing/node15.html | تاريخ أرشيف = 6 أبريل 2018 }}</ref>، القاعدة أعلاه تُعرف بأنها تبدأ برمز S غير الطرفي ويُمكن أن تولد الرموز e، b أو a (مثال على الرموز غير الطرفية مثلاً صنف الأرقام أي عندما نقول «رقم» فحسب فيُمكن استبداله بأي من الأرقام):

: <math>S \Rightarrow aS\Rightarrow abS\Rightarrow abbS \Rightarrow abb</math><math>S \Rightarrow aS\Rightarrow abS\Rightarrow abbS \Rightarrow abb </math>

تمثل القواعد الغامضة إشكالية تنتج إعراباً غامضاً أيضاً، عندما يكون للعبارة أكثر من تفسير واحد، تتمثل إحدى استراتيجيات التعامل مع الإعراب الغامض (والتي ترجع مع نحويين بقدم [[بانيني]]) في إضافة المزيد من القواعد، أو تحديد أولوياتها بحيث تكون لقاعدة واحدة الأسبقية على غيرها. ومع ذلك، فإن لهذا إشكالية في التوليد من هذه القواعد، إلى مرحلة بلوغ صعوبة في إدارتها. هناك صعوبة أخرى تتمثل في التوليد الزائد للقواعد.

تتجنب القواعد النحوية الاحتمالية هذه المشكلات بتصنيف مختلف الإنتاجات على أوزان بحسب تردد ورودها.

تعيين الاحتماليات لقواعد [[إنتاج|الإنتاج]] يعطينا نظاماً للقواعد الاحتمالية الخالية من السياق. يتم التعرف على الاحتماليات من خلال مراقبة التوزيعات على مجموعات تدريب من البيانات ذات التكوين المماثل للغة المراد نمذجتها. في معظم عينات اللغة، تتفوق القواعد الاحتمالية على القواعد النحوية المصممة بشكل يدوي، لاسيما عندما تخمن الاحتماليات من البيانات.

== القواعد الموزونة الخالية من السياق ==
تعد '''القواعد الموزونة النحوية الخالية من السياق''' ('''ق.م.خ.س''') فئة عامة أكثر من [[قواعد خالية من السياق|القواعد الخالية]] من [[قواعد خالية من السياق|السياق]]، حيث يكون لكل [[إنتاج]] وزن رقمي مرتبط به. وزن [[شجرة التحليل|شجرة تحليل]] معينة في '''ق.م.خ.س''' هو المنتج <ref name="PCFG_WCFG_same">{{استشهاد بدورية محكمة|DOI=10.1162/coli.2007.33.4.477|عنوان=Weighted and Probabilistic Context-Free Grammars Are Equally Expressive|مسار=https://archive.org/details/sim_computational-linguistics_2007-12_33_4/page/477|سنة=2007|الأخير=Smith|الأول=Noah A.|الأخير2=Johnson|الأول2=Mark|صحيفة=Computational Linguistics|المجلد=33|العدد=4|صفحات=477}}</ref> (أو المجموع <ref name="sumWeightedCFG">{{استشهاد بكتاب|DOI=10.1007/978-3-540-68155-7_31|الفصل=The Weighted Cfg Constraint|عنوان=Integration of AI and OR Techniques in Constraint Programming for Combinatorial Optimization Problems|سلسلة=Lecture Notes in Computer Science|سنة=2008|مؤلف1=Katsirelos|الأول=George|مؤلف2=Narodytska|الأول2=Nina|الأخير3=Walsh|الأول3=Toby|ISBN=978-3-540-68154-0|المجلد=5015|صفحات=323|مسار الفصل=https://books.google.co.jp/books?id=zKlk6bA3u3oC&pg=PA323&dq=isbn:9783540681540}}</ref>) لجميع أوزان القاعدة في الشجرة. يتم تضمين وزن كل قاعدة كلما استخدمت القاعدة في الشجرة. وهناك حالة خاصة تكون فيها '''ق.م.خ.س''' هي ق.خ.س، عندما تمثل الأوزان المرفقة مع الانتاجات هي ([[لوغاريتم|لوغاريتمات]] <ref name="logLinear">{{استشهاد بويب| مسار = http://web.science.mq.edu.au/~mjohnson/papers/ESSLLI05-wcfgs.pdf#page=10
| عنوان = log linear or Gibbs models
| سنة = 2005
| الأخير = Johnson
| الأول = Mark
| مسار أرشيف = https://web.archive.org/web/20190415164039/http://web.science.mq.edu.au/~mjohnson/papers/ESSLLI05-wcfgs.pdf | تاريخ أرشيف = 15 أبريل 2019 }}</ref><ref>{{استشهاد بدورية محكمة|عنوان=Statistical properties of probabilistic context-free grammars|الأول=Zhiyi|الأخير=Chi|صحيفة=Computational Linguistics|المجلد=25|العدد=1|تاريخ=March 1999|صفحات=131–160|مسار=http://acl.ldc.upenn.edu/J/J99/J99-1004.pdf|مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20100821232432/http://acl.ldc.upenn.edu/J/J99/J99-1004.pdf|تاريخ أرشيف=2010-08-21|حالة المسار=dead}}
</ref>) [[احتمال|الاحتمالات]].

== تطبيقات ==
فضلاً عن التطبيقات في اللغات الطبيعية، فإن القواعد الاحتمالية الخالية من السياق تطبق أيضاً في التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي.

== المراجع ==
{{مراجع|30em|refs=<ref name="مولد تلقائيا9">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف=Chomsky, Noam|عنوان= Three models for the description of language. |صحيفة=IRE Transactions on Information Theory|المجلد=2|العدد= 3 |صفحات=113–124|سنة=1956|doi= 10.1109/TIT.1956.1056813}}</ref>

<ref name="مولد تلقائيا1">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف=Chomsky, Noam |عنوان=On certain formal properties of grammars |صحيفة=Information and Control |تاريخ=June 1959 |المجلد=2 |العدد=2 |صفحات=137–167 |doi=10.1016/S0019-9958(59)90362-6}}</ref>

<ref name="مولد تلقائيا4">{{استشهاد بكتاب|محرر=Noam Chomsky|عنوان=Syntactic Structures.|مسار=https://archive.org/details/syntacticstructu0000chom|ناشر= Mouton & Co. Publishers, Den Haag, Netherlands|سنة= 1957}}</ref>

<ref name="مولد تلقائيا6">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف1=Eddy S. R.  |مؤلف2=Durbin R. |lastauthoramp=yes |عنوان=RNA sequence analysis using covariance models|صحيفة=Nucleic Acids Research|المجلد=22|صفحات=2079–2088|سنة=1994|doi=10.1093/nar/22.11.2079|pmid=8029015|pmc=308124|العدد=11}}</ref>
 
<ref name="مولد تلقائيا8">{{استشهاد بدورية محكمة|المؤلفون=Sakakibara Y., Brown M., Hughey R., Mian I. .S, et. al |عنوان=Stochastic context-free grammars for tRNA modelling |صحيفة=Nucleic Acids Research |المجلد=22 |العدد= 23 |صفحات=5112–5120 |سنة=1994 |doi=10.1093/nar/22.23.5112}}</ref>

<ref name="مولد تلقائيا5">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف=Grat, L. |عنوان=Automatic RNA secondary structure determination with stochastic context-free grammars |صحيفة=In Rawlings, C., Clark, D., Altman, R., Hunter, L., Lengauer, T and Wodak, S. Proceedings of the Third International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, AAAI Press|صفحات=136–144|مسار=https://www.aaai.org/Papers/ISMB/1995/ISMB95-017.pdf|سنة=1995| مسار أرشيف = https://web.archive.org/web/20151204013359/http://www.aaai.org/Papers/ISMB/1995/ISMB95-017.pdf | تاريخ أرشيف = 4 ديسمبر 2015 }}</ref>
 
<ref name="مولد تلقائيا7">{{استشهاد بكتاب|مؤلف=Lefebvre, F |الفصل=An optimized parsing algorithm well suited to RNA folding |محرر=Rawlings, C. |محرر2=Clark, D. |محرر3=Altman, R. |محرر4=Hunter, L. |محرر5=Lengauer, T. |محرر6=Wodak, S. |عنوان=Proceedings of the Third International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology |ناشر=AAAI Press |صفحات=222–230 |تاريخ=1995}}</ref>

<ref name="مولد تلقائيا2">{{استشهاد بكتاب|الأخير=Lefebvre |الأول=F. |الفصل=A grammar-based unification of several alignment and folding algorithms |محرر=States, D. J. |محرر2=Agarwal, P. |محرر3=Gaasterlan, T. |محرر4=Hunter, L. |محرر5=Smith R. F. |عنوان=Proceedings of the Fourth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology |ناشر=AAAI Press |صفحات=143–153 |تاريخ=1996}}</ref>
 
<ref name="مولد تلقائيا3">{{استشهاد بكتاب|محرر1=R. Durbin |محرر2=S. Eddy |محرر3=A. Krogh |محرر4=G. Mitchinson |عنوان=Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids |مسار=https://books.google.com/books?id=R5P2GlJvigQC |ناشر=Cambridge University Press |سنة=1998 |isbn=978-0-521-62971-3| مسار أرشيف = https://web.archive.org/web/20150318190403/http://books.google.com/books?id=R5P2GlJvigQC | تاريخ أرشيف = 18 مارس 2015 }}</ref>

<ref name="Dowell 2004">{{استشهاد بدورية محكمة|المؤلفون=Dowell R., Eddy S.|lastauthoramp=yes |عنوان=Evaluation of several lightweight stochastic context-free grammars for RNA secondary structure prediction|صحيفة=BMC Bioinformatics |المجلد=5|العدد=71|صفحات=71 |doi=10.1186/1471-2105-5-71|pmid=15180907 |pmc=442121 |سنة=2004 }}</ref>

<ref name="McCaskill 1990">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف=McCaskill J. S.|عنوان= The Equilibrium Partition Function and Base Pair Binding Probabilities for RNA Secondary Structure  |صحيفة=Biopolymers|المجلد=29|صفحات=1105–19|سنة=1990|doi=10.1002/bip.360290621|pmid=1695107|العدد=6–7}}</ref>

<ref name="Juan 1999">{{استشهاد بدورية محكمة|المؤلفون=Juan V., Wilson C. |عنوان= RNA Secondary Structure Prediction Based on Free Energy and Phylogenetic Analysis|صحيفة=J. Mol. Biol.|المجلد= 289|العدد= 4|صفحات=935–947|سنة=1999|doi=10.1006/jmbi.1999.2801|pmid= 10369773}}</ref>

<ref name="Zuker 2000">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف=Zuker M|عنوان= Calculating Nucleic Acid Secondary Structure|صحيفة=Curr. Opin. Struct. Biol.|المجلد=10|العدد= 3|صفحات=303–310|سنة=2000|doi=10.1016/S0959-440X(00)00088-9}}</ref>

<ref name="Mathews 1999">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف1=Mathews D. H. |مؤلف2=Sabina J. |مؤلف3=Zuker M. |مؤلف4=Turner D. H. |عنوان= Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves prediction of RNA secondary structure|صحيفة=J. Mol. Biol.|المجلد=288|صفحات=911–940|سنة=1999|doi=10.1006/jmbi.1999.2700|pmid=10329189|العدد=5}}</ref>

<ref name="Knudsen 2003">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف1=B. Knudsen  |مؤلف2=J. Hein. |lastauthoramp=yes |عنوان= Pfold: RNA secondary structure prediction using stochastic context-free grammars |صحيفة=Nucleic Acids Research |المجلد=31|العدد=13|صفحات=3423–3428|سنة=2003|doi=10.1093/nar/gkg614 |pmid=12824339 |pmc=169020}}</ref>

<ref name="Knudsen 1999">{{استشهاد بدورية محكمة|المؤلفون=Knudsen B., Hein J. |عنوان= RNA Secondary Structure Prediction Using Stochastic Context-Free Grammars and Evolutionary History  |مسار=https://archive.org/details/sim_bioinformatics_1999-06_15_6/page/446 |صحيفة=Bioinformatics|المجلد=15|صفحات=446–454|سنة=1999|doi=10.1093/bioinformatics/15.6.446|pmid=10383470|العدد=6}}</ref>

<ref name="Rivas 2001">{{استشهاد بدورية محكمة|المؤلفون=Rivas E., Eddy S. R. |عنوان= Noncoding RNA Gene Detection Using Comparative Sequence Analysis  |صحيفة=BMC Bioinformatics|المجلد=2|سنة=2001|doi=10.1186/1471-2105-2-8|pmid=11801179|pmc=64605|العدد=1|صفحات=8}}</ref>

<ref name="Holmes 2002">{{استشهاد بكتاب|المؤلفون=Holmes I., Rubin G. M.|عنوان=Pairwise RNA Structure Comparison with Stochastic Context-Free Grammars|صحيفة=In. Pac. Symp. Biocomput.|صفحات=[https://archive.org/details/pacificsymposium00paci/page/163 163–174]|سنة=2002|doi=10.1142/9789812799623_0016|isbn=978-981-02-4777-5|مسار=https://archive.org/details/pacificsymposium00paci/page/163| مسار أرشيف = https://web.archive.org/web/20200827213047/https://archive.org/details/pacificsymposium00paci/page/163 | تاريخ أرشيف = 27 أغسطس 2020 }}</ref>

<ref name="Gardner 2010">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف1=P. P. Gardner |مؤلف2=J. Daub |مؤلف3=J. Tate |مؤلف4=B. L. Moore |مؤلف5=I. H. Osuch |مؤلف6=S. Griffiths-Jones |مؤلف7=R. D. Finn |مؤلف8=E. P. Nawrocki |مؤلف9=D. L. Kolbe |مؤلف10=S. R. Eddy |مؤلف11=A. Bateman. |عنوان=Rfam: Wikipedia, clans and the "decimal" release |صحيفة=Nucleic Acids Research|سنة=2011|المجلد=39|doi=10.1093/nar/gkq1129|pmid=21062808|pmc=3013711|العدد=Suppl 1|صفحات=D141–D145}}</ref>

<ref name="Yao 2006">{{استشهاد بدورية محكمة|المؤلفون=Yao Z., Weinberg Z., Ruzzo W. L. |عنوان=CMfinder-a covariance model based RNA motif finding algorithm |وصلة=https://archive.org/details/sim_bioinformatics_2006-02-15_22_4/page/n64 |صحيفة=Bioinformatics|المجلد=22
|صفحات=445–452|سنة=2006|doi=10.1093/bioinformatics/btk008|pmid=16357030|العدد=4}}</ref>

<ref name="Rabani 2008">{{استشهاد بدورية محكمة|المؤلفون=Rabani M., Kertesz M., Segal E. |عنوان= Computational prediction of RNA structural motifs involved in post-transcriptional regulatory processes  |صحيفة= Proc. Natl. Acad. Sci. USA|المجلد=105|العدد= 39  |صفحات=14885–14890|سنة=2008|doi=10.1073/pnas.0803169105
|pmid= 18815376  |pmc=2567462}}</ref>
 
<ref name="Goodarzi 2012">{{استشهاد بدورية محكمة|المؤلفون=Goodarzi H., Najafabadi H. S., Oikonomou P., Greco T. M., Fish L., Salavati R., Cristea I. M., Tavazoie S. |عنوان= Systematic discovery of structural elements governing stability of mammalian messenger RNAs |صحيفة=Nature |المجلد=485 |العدد= 7397 |صفحات=264–268 |سنة=2012 |doi=10.1038/nature11013 |pmid=22495308 |pmc=3350620}}</ref>

<ref name="Sipser 1996">{{استشهاد بكتاب|مؤلف=Sipser M.|عنوان= Introduction to Theory of Computation|ناشر=Brooks Cole Pub Co.|سنة=1996}}</ref>

<ref name="Harrison 1978">{{استشهاد بكتاب|مؤلف=[[Michael A. Harrison]] |عنوان= Introduction to Formal Language Theory |ناشر=Addison-Wesley|سنة=1978}}</ref>
 
<ref name="Hopcroft 1979">{{استشهاد بكتاب|مؤلف1=Hopcroft J. E. |مؤلف2=Ullman J. D. |عنوان= Introduction to Automata Theory, Languages, and Computation |ناشر=Addison-Wesley|سنة=1979}}</ref>

<ref name="Giegerich 2000">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف=Giegerich R.|عنوان=Explaining and Controlling Ambiguity in Dynamic Programming|صحيفة= In Proceedings of the 11th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching 1848 Edited By: Giancarlo R., Sankoff D. Montréal, Canada: Springer-Verlag, Berlin|صفحات=46–59|سنة=2000}}</ref>

<ref name="Lari and Young 1990">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف1=Lari K. |مؤلف2=Young S. J. |عنوان= The estimation of stochastic context-free grammars using the inside-outside algorithm |صحيفة=Computer Speech and Language|المجلد=4|صفحات=35–56|سنة=1990|doi=10.1016/0885-2308(90)90022-X}}</ref>

<ref name="Lari and Young 1991">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف1=Lari K. |مؤلف2=Young S. J. |عنوان= Applications of stochastic context-free grammars using the inside-outside algorithm|صحيفة=Computer Speech and Language|المجلد=5|العدد=3 |صفحات=237–257|سنة=1991|doi=10.1016/0885-2308(91)90009-F}}</ref>

<ref name="Nawrocki 2013">{{استشهاد بدورية محكمة| مؤلف=Nawrocki E. P., Eddy S. R.|عنوان=Infernal 1.1:100-fold faster RNA homology searches|صحيفة=Bioinformatics|المجلد=29|صفحات=2933–2935|سنة=2013|doi=10.1093/bioinformatics/btt509|pmid=24008419|pmc=3810854|العدد=22}}</ref>

<ref name="Tavaré 1986">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف=Tavaré S.|عنوان= Some probabilistic and statistical problems in the analysis of DNA sequences. |صحيفة=Lectures on Mathematics in the Life Sciences. American Mathematical Society|المجلد=17|صفحات=57–86|سنة=1986}}</ref>

<ref name="Muse 1995">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف=Muse S. V. |عنوان=Evolutionary analyses of DNA sequences subject to constraints of secondary structure.|مسار=https://archive.org/details/sim_genetics_1995-03_139_3/page/1429 |صحيفة=Genetics|المجلد=139 |العدد=3 |صفحات=1429–1439|سنة=1995|pmc=1206468 |pmid=7768450}}</ref>

<ref name="Baker 1979">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف=J. K. Baker |عنوان=Trainable grammars for speech recognition|صحيفة=In D. Klatt and J. Wolf, Editors, Speech Communication Papers for the 97th Meeting of the Acoustical Society of America|المجلد=36 |العدد=20 |صفحات=545–550 |سنة=1979}}</ref>

<!-- <ref name="Myers 1995">{{استشهاد بدورية محكمة|author=Myers, G.|title= Approximately matching context-free languages |url=https://archive.org/details/sim_information-processing-letters_1995-04-28_54_2/page/n22|journal=Information Processing Letters|volume=54|pages=85–92|year=1995|doi=10.1016/0020-0190(95)00007-Y}}</ref> -->

<ref name="Schöniger 1994">{{استشهاد بدورية محكمة|مؤلف1=Schöniger M. |مؤلف2=von Haeseler A. |عنوان=A stochastic model for the evolution of autocorrelated DNA sequences |المجلد=3 |العدد=3 |صفحات=240–7 |سنة=1994| صحيفة = Mol. Phylogenet. Evol.|doi=10.1006/mpev.1994.1026|pmid=7529616 }}</ref>}}
{{شريط بوابات|علم الحاسوب|لسانيات}}

[[تصنيف:لغات شكلية]]
[[تصنيف:معلوماتية حيوية]]
[[تصنيف:نموذج اللغة]]